补充住房公积金制度是住房公积金制度的一种补充，基本特征与公积金相同，是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有。不强求缴纳，个人不超过7%，单位不小于1%。

由于补充公积金账号和基本公积金账号存在关联，借款人在办理冲还贷手续时只要提供了基本公积金账号，计算机在扣款时就会根据关联规则自动从对应的补充公积金账户内进行扣款，扣款顺序先扣基本公积金账户，后扣补充公积金账户。